秦牧天生凡体，历经考验成为天魔教教主，被延康国封为第一任太学博士。延康国叛乱之战中秦牧引来魔神，掀起浩荡风云，后随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手。他返回延康,助国师平叛、造射日神炮，后得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下秦牧得知自己的身世,借助道门小玉京等人帮助，开启道法神通改革的大世。
神奇阿呦第二部全集故事讲述的是在神奇阿呦第一季最后一集中阿呦为了给小米去掉颜料，前往别的星球，机器流星人利用阿呦的善心逃脱，却引来了一个真正的流星人阿巴。阿呦把流星人阿巴带回小米家，但小米嫌它吵，阿巴就跑出去了。阿巴觉得实现别人的愿望很难，很伤心，想要回宇宙。
林欢本是富商之子，因意外而家道中落，沦为仇家的倒插门，重新归来的林欢，突然性情大变，打算重整旗鼓，利用自己梦中所见的奇闻奇物发展家业，在古代打造出属于自己的新时代。
